โรงไฟฟ้าจะใช้น้ำทะเล ประมาณ 5.34 ล้าน ลบ.ม./วัน สำหรับทั้ง 2 หน่วยผลิต โดยจะใช้ในระบบหล่อเย็นและระบบดักจับก๊าซซัลเฟอร์ไดออกไซด์ด้วยน้ำทะเล (FGD) สถานีสูบน้ำจะสูบน้ำทะเลที่อยู่ในบริเวณภายใน intake system ของโรงไฟฟ้า โดยจะสูบน้ำด้วยความเร็วต่ำ (Slow Velocity) ประมาณ 0.3 เมตร/วินาที เพื่อหลีกเลี่ยงการรบกวนกระแสน้ำในการเดินเรือ และปล่อยให้ปลาหรือสัตว์น้ำสามารถว่ายหนีออกไปได้

มีการติดตั้ง Bar Screen เพื่อดักขยะชิ้นใหญ่ๆ ออกจากน้ำสูบเข้าและติดตั้ง Travelling Screen เพื่อป้องกันปลาตัวเล็กและสัตว์น้ำขนาดเล็กที่อาจหลุดติดเข้ามา ตะแกรงทั้ง 2 ชนิดนี้จะช่วยป้องกันไม่ให้ปั๊มสูบน้ำและอุปกรณ์อื่นๆ ของระบบหล่อเย็นอุดตันเสียหาย ส่วนขยะที่ถูกดักด้วย Bar Screen จะแยกออกไปกำจัดพร้อมกับกากของเสียอื่นๆ

ขยะหรือสิ่งต่างๆ ที่ติดอยู่บน Travelling Screen จะถูกล้างออกด้วยน้ำ สิ่งมีชีวิตที่ติดบนตะแกรง และยังมีชีวิตอยู่จะถูกล้างออกมาและไหลออกไปทางรางน้ำกลับลงสู่ทะเลได้ ความเร็วในการไหลในรางนี้จะได้รับการออกแบบให้มีผลกระทบอันตรายต่อปลาหรือสิ่งมีชีวิตในน้ำเหล่านี้น้อยที่สุด ขยะที่ถูกดักไว้จะถูกจัดเก็บและแยกออกไปกำจัดต่อไป

ในระบบหล่อเย็นจะมีการเติมสารคลอรีน เพื่อควบคุมไม่ให้เกิดการเน่าเสียของสารอินทรีย์ที่ติดมากับน้ำ ซึ่งส่งผลกระทบทำให้ประสิทธิภาพการถ่ายเทความร้อนในอุปกรณ์คอนเดนเซอร์ต่ำลง และส่งผลให้ประสิทธิภาพการผลิตต่ำลงไปด้วยเช่นกัน ปริมาณการเติมคลอรีนจะควบคุมไว้ เพื่อไม่ให้น้ำที่ออกจากระบบมีสารคลอรีนเจือปนเกินค่ามาตรฐาน คือไม่เกินกว่า 1.0 มก./ลิตร

ในสภาพเป็นจริงสารคลอรีนที่หลงเหลือหลังจากผ่านระบบหล่อเย็นแล้ว จะลดลงเมื่อสัมผัสกับน้ำทะเลที่ผ่านระบบ FGD จากนั้นจะถูกส่งต่อไปยังบ่อเติมอากาศเพื่อปรับสภาพน้ำทะเลเป็นขั้นตอนสุดท้าย ส่งผลให้สารคลอรีนในน้ำทะเลสลายหมดไป

น้ำที่ผ่านเข้าสู่คอนเดนเซอร์ของโรงไฟฟ้าจะใช้สำหรับควบแน่นไอน้ำที่ออกจากอุปกรณ์กำเนิดไฟฟ้า น้ำที่ผ่านระบบหล่อเย็นแล้วนี้ บางส่วนจะถูกนำไปใช้ต่อในระบบ FGD โดยพ่นเป็นละอองน้ำผ่านไอเสียที่ได้ดักฝุ่นด้วยอุปกรณ์ ESP (Electrostatic Precipitators) มาก่อนแล้ว สภาพความด่างที่มีอยู่ในน้ำทะเลจะทำปฏิกิริยากับก๊าซซัลเฟอร์ไดออกไซด์ที่ปนอยู่ในไอเสีย และทำให้น้ำที่ออกจากระบบมีค่าพีเอชลดลงบ้าง ไอเสียจะถูกส่งผ่านเข้าสู่ระบบบำบัดก๊าซซัลเฟอร์ไดออกไซด์ ประมาณ 70%

น้ำทะเลที่ผ่านระบบ FGD และมีค่าพีเอชลดลงนี้ จะถูกส่งเข้าระบบปรับสภาพ โดยเติมอากาศเพื่อไล่ก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์อิสระที่เกิดจากการทำปฏิกิริยาของสภาพด่างในน้ำ ผลจากการไล่ก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์นี้จะทำให้ค่าพีเอชของน้ำกลับเพิ่มขึ้น ซึ่งน้ำที่ออกจากบ่อเติมอากาศนี้จะมีค่าพีเอชประมาณ 7 นอกจากนี้ การเติมอากาศจะช่วยออกซิไดซ์สารซัลไฟด์ในน้ำให้กลายเป็นซัลเฟต ซึ่งจะทำให้น้ำทิ้งมีคุณภาพดีขึ้น เนื่องจากทำให้ค่า COD ต่ำ หลังจากนั้นน้ำส่วนนี้จะถูกส่งไปรวมกับน้ำหล่อเย็นส่วนที่เหลือออกจากเครื่องควบแน่น ซึ่งยังไม่ได้ผ่านการดักจับก๊าซ SO2 การถ่ายเทความร้อนจะเกิดขึ้นตั้งแต่ในคอนเดนเซอร์และในระบบ FGD ด้วย ระบบนี้ได้ถูกออกแบบเพื่อให้มีน้ำทิ้งที่มีอุณหภูมิไม่เกิน 40 0C 0C

น้ำทิ้งจะถูกระบายผ่านคลองระบยน้ำที่อยู่ทางชายฝั่งด้านใต้ของโครงการด้วยความเร็ว 1.5 เมตร/วินาที